La gestione di magazzino di BeeStore comprende la possibilità di gestire sia movimenti di magazzino generici tramite causali parametriche, sia movimenti di magazzino automatici quali i trasferimenti tra sede e negozi e tra negozi.
Interrogazioni sulle varie situazioni, stampe di controllo e fiscali come le schede di magazzino sono disponibili sia presso la sede che presso il negozio, se autorizzato.
Il gestore del negozio in franchising ha inoltre la possibilità di avere le valorizzazioni del proprio magazzino anche ai fini fiscali.
Le valorizzazioni fiscali di magazzino sono previste al costo medio e LIFO.